ProteoCraft 实现可控蛋白质设计
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2 条斯坦福大学 X-lab 和 SNAP 实验室联合发布蛋白设计框架 ProteoCraft,提出「提案 — 验证」搜索方案,通过近似梯度给出序列修改方向,以完整结构预测验证候选,再经两阶段蒙特卡洛树搜索组织多位置广泛探索与单点局部精修,同时支持蛋白从头设计与限定区域局部改造。
庞大的序列搜索空间是蛋白质设计面临的核心难题之一。一条由100个氨基酸组成的蛋白质序列,理论上就有超过 种组合,数量远超可观测宇宙中的原子总数。如何从这些可能性中找到能够形成预期结构、实现特定结合功能的蛋白质,是计算设计需要解决的问题。